La idea de crear un pequeño Museo dedicado a la Historia Geológica de Burgos surgió en el curso 1986-1987, con el fin de exponer de forma ordenada y con un claro carácter didáctico una selección de la gran cantidad de minerales, rocas y fósiles recogidos durante varios años por el profesor Jesús Melero Vara y otros aportados por los alumnos del profesor Melchor Peñaranda Redondo, que incluían ejemplares procedentes de prácticamente toda la provincia. A finales del curso 1987-1988 se inauguró provisionalmente la muestra en simples muebles con baldas de madera, carentes de iluminación e incluso de cristales de protección.
Durante el curso 1988-1989, los profesores del departamento de Ciencias: Jesús Melero, Mayte Lázaro, Melchor Peñaranda y Julia Martínez, con la colaboración de numerosos alumnos se dedicaron a elaborar mapas, esquemas, dibujos paleoecológicos, textos informativos y todo tipo de materiales didácticos para acompañar la selección de ejemplares expuestos. Además decidieron presentar el proyecto de Museo al concurso Giner de los Ríos obteniendo el Primer Premio, dotado con dos millones de pesetas que permitieron mejorar notablemente las instalaciones del Museo.
El Museo es de reducido tamaño, ya que ocupa el espacio de un laboratorio. En el centro del mismo se expone una maqueta en relieve a escala 1:200.000 de la provincia, realizada con placas de corcho por el profesor Luis Jesús Martín y un grupo de alumnos.
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La primera sección está dedicada a los Minerales y Rocas de Burgos, expuestos en cuatro vitrinas con textos informativos y sendos mapas de yacimientos y canteras.
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La segunda sección está dedicada a la Historia Geológica de Burgos. Consta de un mapa geológico, de fotografías de las principales unidades geoestructurales y de 8 vitrinas que muestran fósiles de los distintos períodos geológicos, con textos explicativos, mapas paleogeográficos y diagramas paleoecológicos de cada uno.
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La tercera sección está dedicada a los Paisajes y Relieves de la Provincia y está formada por una selección de fotografías de las formas de relieve y tipos de paisaje mas representativos, junto a otras de puntos de singular belleza o interés geológico.
